Con l’inizio degli anni ’90 era peraltro iniziato in San Fedele, anche grazie all’arrivo come parroco di Padre Giovanni Ballis, un periodo ricco di progetti e proposte. Nacque il Centro giovani coppie, attivo sui problemi della relazione di coppia e organizzatore di cicli di conferenze a tema e ebbero inizio i Lunedì della parola, momenti di lettura del Vangelo che radunano ancora, ogni lunedì sera da ottobre a maggio, una comunità di più di trecento persone. Altre iniziative del San Fedele nel corso degli anni '90 furono gli Incontri a due voci, dialogo sia tra ebrei e cristiani su un libro dell’Antico Testamento e i Cammini di liberazione, serie di appuntamenti quaresimali con personaggi di spicco della cultura contemporanea. Venne potenziata l’attività della Sesta Opera, associazione di volontariato per l’assistenza ai carcerati.

Ulteriore passo sulla strada di una azione sempre più unitaria delle diverse opere del San Fedele è stato la costituzione della Fondazione Culturale San Fedele.